1. Bidang Perikanan Budidaya
- UPT Budidaya Air Payau dan Laut
- UPT Laboratorium Kesehatan Ikan dan Lingkungan di Pasuruan
- UPT Pelatihan Teknis Kelautan, Perikanan, Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil
- Instalasi Budidaya Air Payau Probolinggo
- Instalasi Budidaya Air Payau Lamongan
- Instalasi Budidaya Air Payau Prigi
- Instalasi Tambak Dinas
- Instalasi Perikanan Budidaya Punten
- Instalasi Perikanan Budidaya Pandaan
- Instalasi Perikanan Budidaya Mojokerto
- Instalasi Perikanan Budidaya Merakurak
- Instalasi Budidaya Laut Boncong
2. Bidang Perikanan Tangkap dan Bidang Kelautan, Pesisir dan Pengawasan
- UPT Pelatihan Teknis Kelautan, Perikanan, Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil
- UPT Pelabuhan Perikanan Pantai Mayangan Kota Probolinggo
- UPT Pelabuhan Perikanan Pantai Muncar Banyuwangi
- UPT Pelabuhan Perikanan Pantai Tamperan Pacitan
- UPT Pelabuhan Perikanan Pantai Bulu Tuban
- UPT Pelabuhan Perikanan Pantai Pasongsongan
- UPT Pelabuhan Perikanan Pantai Pokdokdadap
- UPT Pelabuhan Perikanan Pantai Popoh
- UPT Pelabuhan Perikanan Pantai Puger
- Instalasi Pelabuhan Perikanan Pantai Bawean
- Instalasi Pelabuhan Perikanan Pantai Tambakrejo
- Instalasi Pelabuhan Perikanan Pantai Lekok
- Instalasi Pelabuhan Perikanan Pantai Paiton
- Instalasi Pelabuhan Perikanan Pantai Pancer
- Instalasi Pelabuhan Perikanan Pantai Grajagan
3. Bidang Pengolahan, dan Pemasaran Produk Kelautan dan Perikanan
- UPT Pengujian Mutu dan Pengembangan Produk Kelautan dan Perikanan Surabaya
- UPT Pengujian Mutu dan Pengembangan Produk Kelautan dan Perikanan Banyuwangi
- UPT Pelatihan Teknis Kelautan, Perikanan, Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil
4. Bidang Kelautan, Pesisir dan Pengawasan
- UPT Pelatihan Teknis Kelautan, Perikanan, Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil di Probolinggo
