1. Bidang Perikanan Budidaya
- UPT Pengembangan Budidaya Air Payau Bangil Pasuruan
- UPT Pengembangan Budidaya Air Tawar Umbulan
- UPT Pengembangan Budidaya Laut Situbondo
- UPT Pelatihan Teknis Perikanan Budidaya dan Pengolahan Produk Kelautan dan Perikanan Kepanjen Malang
- Instalasi Budidaya Air Payau Probolinggo
- Instalasi Budidaya Air Payau Lamongan
- Instalasi Budidaya Air Payau Prigi
- Instalasi Tambak Dinas
- Instalasi Budidaya Air Tawar Punten
- Instalasi Budidaya Air Tawar Pandaan
- Instalasi Budidaya Air Tawar Mojokerto
- Instalasi Budidaya Air Tawar Merakurak
- Instalasi Budidaya Air Laut Boncong
2. Bidang Perikanan Tangkap dan Bidang Kelautan, Pesisir dan Pengawasan
- UPT Pelatihan Teknis Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan Probolinggo
- UPT Pelabuhan dan Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan Mayangan Kota Probolinggo
- UPT Pelabuhan dan Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan Muncar Banyuwangi
- UPT Pelabuhan dan Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan Tamperan Pacitan
- UPT Pelabuhan dan Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan Bulu Tuban
- UPT Pelabuhan dan Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan Pasongsongan
- UPT Pelabuhan dan Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan Pokdokdadap
- UPT Pelabuhan dan Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan Tambakrejo
- UPT Pelabuhan dan Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan Popoh
- UPT Pelabuhan dan Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan Puger
- UPT Pelabuhan dan Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan Bawean
- Instalasi Pelabuhan dan Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan Lekok
- Instalasi Pelabuhan dan Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan Paiton
- Instalasi Pelabuhan dan Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan Pancer
- Instalasi Pelabuhan dan Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan Grajagan
3. Bidang Pengolahan, dan Pemasaran Produk Kelautan dan Perikanan
- UPT Pengujian Mutu dan Pengembangan Produk Kelautan dan Perikanan Surabaya
- UPT Pengujian Mutu dan Pengembangan Produk Kelautan dan Perikanan Banyuwangi
