Seksi Pengendalian Kesehatan Ikan dan Lingkungan mempunyai tugas :
- menyusun perencanaan kegiatan Seksi Pengendalian Kesehatan Ikan dan Lingkungan;
- menyiapkan bahan pengendalian teknis kesehatan ikan dan lingkungan budidaya
- melaksanakan pengendalian penyebaran hama dan penyakit ikan;
- melaksanakan pendampingan teknis kesehatan ikan dan lingkungan budidaya;
- melaksanakan domestikasi ikan-ikan lokal sebagai indikator kesehatan lingkungan perairan umum;
- melaksanakan monitoring, evaluasi dan pelaporan; dan
- melaksanakan tugas-tugas lain yang diberikan oleh KepalaUPT.