Pelabuhan Perikanan Pasongsongan dibangun pada tahun 2004 dengan nama UPPPI Pasongsongan, diresmikan pada tanggal 3 juli 2013 oleh Gubenur Jawa Timur ( Dr. H. SOEKARWO ) di Kecamatan Pakong Kab. Pamekasan secara simbolis.
Dan pada tanggal 30 juni 2014 keputusan Kepala Dinas Perikanan dan Kelautan Prov. Jatim No 118.4/11 8 29/11 6. 01/2014. Tentang perubahan instalasi dilingkungan DPK Prov. Jatim maka berubahlah nama UPPPI pasongsongan menjadi IPP pasongsongan, UPT Pelabuhan Perikanan Bulu Tuban.
Pada tanggal 4 November 2016, keluarlah Peraturan Gubernur Nomor 115 tahun 2016, Tentang, Nomenklatur Susunan Organisasi, Uraian Tugas Dan Fungsi Serta Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Dinas Kelautan Dan Perikanan Provinsi Jawa Timur. Maka berubahlah nama dari Instalasi Pelabuhan Perikanan Pasongsongan menjadi UPT. Pelabuhan Dan Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan Pasongsongan ( UPT. P2SKP Pasongsongan ).
Pada saat Peraturan Gubernur ini mulai berlaku, Peraturan Gubernur Nomor 115 Tahun 2016 tentang Nomenklatur, Susunan Organisasi, Uraian Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Jawa Timur dicabut dan dinyatakan tidak berlaku.
Dengan adanya perubahan tersebut, kemudian dikeluarkannya peraturan baru Pada tanggal 10 Juli 2018, PERATURAN GUBERNUR JAWA TIMUR NOMOR 74 TAHUN 2018 TENTANG NOMENKLATUR, SUSUNAN ORGANISASI, URAIAN TUGAS DAN FUNGSI SERTA TATA KERJA UNIT PELAKSANA TEKNIS DINAS KELAUTAN DAN PERIKANAN PROVINSI JAWA TIMUR, Maka berubahlah nama dari Instalasi Pelabuhan Perikanan Pasongsongan menjadi UPT. Pelabuhan Perikanan Pantai Pasongsongan (UPT. PPP Pasongsongan). UPT Pelabuhan Perikanan Pantai sebagaimana dimaksud dalam Pasal 2 huruf e, merupakan unsur pelaksana teknis yang melaksanakan kegiatan teknis operasional dan/atau kegiatan teknis penunjang tertentu. UPT Pelabuhan Perikanan Pantai sebagaimana dimaksud pada ayat (1), dipimpin oleh Kepala UPT yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Dinas.