Unit Pelaksana Teknis Pelabuhan Perikanan Pantai (UPT PPP) Pondokdadap merupakan Unit Pelaksana Teknis di bawah Bidang Perikanan Tangkap Dinas Perikanan dan Kelautan Provinsi Jawa Timur yang ditetapkan berdasarkan Peraturan Gubernur Jawa Timur No. 74 Tahun 2018. UPT Pelabuhan Perikanan Pantai Pondokdadap mempunyai tugas melaksanakan sebagian tugas teknis Dinas di bidang pelayanan teknis pelabuhan perikanan pantai, tata kelola dan pelayanan usaha, ketatausahaan dan pelayanan masyarakat.
Sejarah pembentukan Pelabuhan Perikanan Pantai Pondokdadap dimulai pada awal dikeluarkannya Surat Keputusan Kepala Dinas Perikanan dan Kelautan Provinsi Jawa Timur Nomor: 23 Tahun 1992 tentang dibentuknya Badan Pengelola Pangkalan Pendaratan Ikan (BPPPI) Pondokdadap. Duabelas tahun kemudian, tepatnya pada tahun 2004, Pelabuhan Perikanan Pondokdadap memperoleh status sebagai Pelabuhan Perikanan Kelas C atau kelas Pelabuhan Perikanan Pantai (PPP) sesuai dengan dikeluarkannya Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor: 12/MEN/2004.
Kemudian pada tahun 2010, Dinas Kelautan dan Perikanan Provinsi Jawa Timur melalui Keputusan Kepala Dinas Perikanan dan Kelautan Provinsi Jawa Timur Nomor: 061/6614/116.01/2010 membentuk Unit Pengelola Pelabuhan Perikanan Pantai (UPPPP) Pondokdadap. Unit Pengelola ini bertahan selama 2 tahun hingga dikeluarkannya Keputusan Kepala Dinas Provinsi Jawa Timur Nomor: 188.4/11829/116.01/2014, dimana pengelola Pelabuhan Perikanan Pondokdadap berganti menjadi Instalasi Pelabuhan Perikanan Pondokdadap (IPPP) dibawah UPT Pelabuhan Perikanan Tamperan.
Pada tahun 2016, status pengelola Pelabuhan Perikanan Pondokdadap dilimpahkan kepada Unit Pelaksana Teknis Pelabuhan dan Pengelolaan Sumberdaya Kelautan dan Perikanan (UPT P2SKP) melalui Peraturan Gubernur Jawa Timur Nomor: 115 Tahun 2016. Dalam pengelolaan UPT P2SKP, Pelabuhan Perikanan Pondokdadap tidak hanya memiliki tugas dan fungsi di bidang operasional pelabuhan, namun juga melaksanakan tugas dan fungsi di bidang pengelolaan dan pengawasan sumberdaya kelautan dan perikanan, yang didalamnya meliputi pengawasan perairan (patrol) dan pemantauan usaha pelestarian sumberdaya kelautan dan perikanan.
Dua tahun berselang, UPT P2SKP kini berubah nomenklatur menjadi UPT Pelabuhan Perikanan Pantai sesuai dengan Peraturan Gubernur Jawa Timur No. 74 Tahun 2018. Tugas dan fungsi di bidang pengelolaan dan pengawasan sumberdaya kelautan dan perikanan pun akhirnya terlepas dari tugas dan fungsi Pelabuhan Perikanan Pondokdadap, sehingga UPT PPP Pondokdadap kini berfokus kepada pelayanan teknis pelabuhan serta tata kelola dan pelayanan usaha pelabuhan perikanan.
UPT PPP Pondokdadap mengelola kawasan Pelabuhan Perikanan dengan konsep ecofishingport, dimana dalam pengembangannya, UPT PPP Pondokdadap memperhatikan empat aspek utama, yakni fungsi dan pelayanan pelabuhan perikanan, sarana dan prasarana pelabuhan perikanan yang memadai, keamanan produksi perikanan, serta kebersihan dan kesehatan lingkungan pelabuhan perikanan.